Tiga hari selepas dipilih Paus, Paus Francis memberitahu kepada ribuan wartawan berita:

[Memandangkan] ramai daripada anda tidak tergolong dalam Gereja Katolik, dan lain-lain tidak juga mahu beragama, saya memberi berkat daripada hati saya, dalam diam, kepada setiap seorang daripada anda, menghormati hati nurani setiap kamu, tetapi mengetahui bahawa setiap salah satu daripada anda adalah anak Tuhan. Semoga Tuhan memberkati anda.[9]

Kenyataan tersebut terhadap orang bukan Katolik dilihat sangat janggal dari orang seumpama beliau. Dengan cara ini, Franciscus telah menunjukkan bahawa beliau menerima orang-orang yang mengambil agama lain.[9]

Dalam ucapan pada 20 Mac, Paus Francis berkata bahawa beberapa orang tidak mengikuti mana-mana agama, tetapi masih mencari "kebenaran, kebaikan dan keindahan." Beliau berkata orang-orang ini adalah sekutu penting dalam melindungi maruah manusia; berdamai; dan menjaga bumi.[24][25] Ini bermakna Paus mengatakan ateis boleh menjadi sekutu Gereja Katolik, dan bukannya musuh.

Dalam ucapan yang sama, Paus berkata Katolik dan orang-orang Yahudi disambungkan "oleh satu ikatan rohani yang paling istimewa." Kepada pemimpin-pemimpin Islam dalam ucapan beliau berkata: "[Kepada] Islam, yang menyembah Tuhan sebagai satu, hidup dan penyayang, dan [menyeru]-Nya dalam doa ... Saya amat menghargai kehadiran anda... [Dalam] ini, saya melihat... tanda wasiat untuk berkembang dalam diri bersama dan kerjasama untuk kebaikan bersama umat manusia."[25]

Pada September 2013, Francis menulis surat yang disiarkan dalam akhbar La Repubblica. Surat itu menyatakan bahawa ateis akan diampunkan oleh Tuhan sekiranya mereka mengikuti suara hati mereka dan melakukan apa yang mereka fikir adalah betul.[26]